以下特殊情况会影响事业单位人员长期不上班的处理结果：1.存在正当理由且有证明：如员工因重大疾病需长期治疗，提供了医院开具的病假证明并按单位规定请假，单位不得按旷工处理，需按病假待遇执行，保留其工作岗位；2.单位规章制度未公示：若单位关于旷工的规定未通过合法程序公示或告知员工，即使员工长期不上班，单位也无法依据该规定进行处分，处理行为可能被认定为违法；3.特殊岗位的例外规定：如涉及国家机密、应急保障的事业单位岗位，员工长期不上班可能影响公共利益，单位可优先采取更严厉的处理措施，如立即停职调查。
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事业单位人员长期不上班是否违法，需结合具体情况判断。以下为您分析不同情形下的法律性质：1.若存在无故长期不上班（无正当理由且未履行请假手续），则可能违反单位规章制度及相关法律规定，构成旷工；2.若存在有正当理由且履行请假手续（如提供有效病假条、事假申请获批），则不违法，属合法休假；3.若存在单位未按规定处理旷工行为（如未书面通知、未按程序处分），则单位的处理可能违法。
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事业单位人员长期不上班可能面临以下法律风险：1.被解除劳动合同的风险：例如，某事业单位在编人员王某无故连续旷工20天，单位依据《劳动法》第二十五条及内部规定，与其解除劳动合同，王某不仅失去工作，还影响后续职业发展；2.经济损失风险：例如，李某因长期不上班被单位扣发工资、奖金，且因旷工导致年度考核不合格，影响职称评定和薪资调整，造成直接经济损失。
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针对事业单位人员长期不上班的违法性判断，可依据以下法律规定分析：根据《中华人民共和国劳动法》第二十五条（最新有效版本），劳动者严重违反劳动纪律或用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同。事业单位人员作为劳动者，若长期无故不上班，属于“严重违反劳动纪律”的情形，符合该法条第二项规定。此外，《事业单位人事管理条例》明确工作人员需遵守工作纪律，无故旷工属违规行为，单位可据此处分。因此，无故长期不上班的事业单位人员，其行为违反上述法律规定，单位有权依法处理。

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